南总文化
医院以“建设国内一流、军内领先、与国际接轨的现代化医院”为总目标，以“全面建设，重点突破，提高层次，扩大影响，真情回报部队和社会”为发展思路。坚持以人为本的管理理念，坚持科技兴院、人才强院的发展战略。积极推进医院后勤保障社会化，积极运用现代科技管理手段，大力推进医院信息化建设，建有400多个终端的计算机局域网；自主开发了“南京总医院网”、“南京总医院博士后科研工作站网”等四个网站。
医院规模
医院现展开床位1800张。设有52个科室，其中临床科室29个，医技科室17个，职能科室5个。拥有国家重点学科1个，国家（全军）临床药理基地1个；全军医学研究所4个，国家药物临床试验机构1个，全军“十五”重中之重学科2个，全军器官移植及肾脏病重点实验室2个，全军医学检验中心1个，全军优生优育指导中心1个；军区级医学研究所2个，军区级医学专科中心10个；江苏省医学重点实验室2个，江苏省重点学科5个，江苏省实验动物清洁级（大小鼠）基地1个，江苏省卫生厅“科教兴卫工程”临床医学中心2个，江苏省科技厅临床医学研究中心2个。设有临床科实验室18个，ICU、CCU病房8个。拥有国家、军队、江苏省重点学科以上的科室34个，占全院学科总数的65%。
师资力量
医院拥有以黎介寿、刘志红两位中国工程院院士领衔的一批专家群体。具有技术创新力、品牌创造力、发展推动力的“3个400”强大人才方阵，即博硕士高学历人员445名，高级职称专家448名，在读研究生475名。拥有国家、军队专业委员会正副主任委员118人次，43人享受政府特殊津贴，3人获“全国百名医药卫生科技之星”，2人获“何梁-何利奖”，1人获“保罗-杨森吴阶平医学研究奖”，2人获“中国科协求是奖”，4人被评为“国家有突出贡献中青年专家”，2人获“第三届军队专业技术重大贡献奖”，1人获“第四节光华工程科技青年奖”，2人入选国家“百千万人才工程”第一、二层次。
医疗设备
医院拥有先进的现代化医疗设备，现有万元以上医疗设备1440多台，总价值3.8亿多元，设备总体水平与医院功能相适应。主要设备有PET/CT、电子束CT、磁共振成像仪、螺旋CT、X线刀、ECT、1250MA大型X光系列、超高速CT、流式细胞仪、共聚焦显微镜、热疗机、100万倍电子显微镜、彩色超声诊断仪、大型自动生化分析仪、直线电子加速器、气液色谱仪、红外、紫外分析仪及80多台进口血透机等。
技术水平
医院整体医疗技术水平较高，尤其是心肺脑复苏，肾小球疾病的诊断和治疗，慢性肾衰的中西医结合治疗，小肠移植、肠外瘘的治疗，全肠外营养的研究和应用，脑垂体移植、心脏移植、复杂心脏病的手术治疗等，临床药效学、药动学的研究及应用，自体干细胞骨髓移植，应用全血脂吸附方法进行血脂净化，子宫内膜异位症的研究和男性不育症的中西医结合治疗，肝炎病理和心脏病理的研究、临床免疫的研究和男性病实验室诊断等都取得了显著成效，2003年医院成功实施亚洲首例肝脏小肠联合移植、国际首例头皮及耳廓联合移植手术。
南京军区总医院医院是江苏大学医学院等十多所高等医学院校的教学医院，同时承担南京大学医学院七年制、第一、二军医大学五年制医学生和其他十多所医学院校实习生的临床教学和带教任务。设有教研室3个、教研组36个；受聘教授、副教授217名。现有15个博士后培养学科、11个博士研究生培养学科、35个硕士研究生培养学科。博士、硕士研究生导师84人，博士后联系导师25人，已培养研究生近300名，在院154名。医院的医学专修科是军区卫生系统人才培训基地，承担全军和军区部分卫生专业的人才培训任务。
学术科研
在院有重点、科有特色、人有专长的思想指导下，医院鼓励科技干部结合临床大力开展科学研究。“九五”期间，承担国家自然科学基金课题13项，国家科技部“十五”重大科技课题1项，国家新药研究基金课题1项，国家人事部课题7项，国家教育部课题7项；全军“八五”和“九五”及“十五”课题49项；省级课题45项。“九五”期间，获得各类科技进步奖288项，其中国家科技进步二、三等奖，军队、省科技进步（医疗成果）一、二等奖等重大奖项53项。近年主编出版专著100多部，主办4种学术期刊，均为国家科技部统计源期刊。据国家科技部中国科技信息研究所统计，年发表论文800余篇。2003年度SCI论文排名由14位跃居第9位，继续保持全国领先行列。
